第四十二条排放污染物的企业事业单位和其他生产经营者，应当采取措施，防治在生产建设或者其他活动中产生的废气、废水、废渣、医疗废物、粉尘、恶臭气体、放射性物质以及噪声、振动、光辐射、电磁辐射等对环境的污染和危害。
排放污染物的企业事业单位，应当建立环境保护责任制度，明确单位负责人和相关人员的责任。
重点排污单位应当按照国家有关规定和监测规范安装使用监测设备，保证监测设备正常运行，保存原始监测记录。
严禁通过暗管、渗井、渗坑、灌注或者篡改、伪造监测数据，或者不正常运行防治污染设施等逃避监管的方式违法排放污染物。
本条是对企业事业单位和其他生产经营者防治污染责任及禁止以逃避监管的方式违法排放污染物的规定。与修订前的环保法相比，本条增加了防治医疗废物、光辐射等对环境的污染和危害的要求、重点排污单位自行监测的有关规定与严禁通过逃避监管的方式违法排放污染物的要求，也明确了重点排污单位的自行监测义务。
第四十三条排放污染物的企业事业单位和其他生产经营者，应当按照国家有关规定缴纳排污费。排污费应当全部专项用于环境污染防治，任何单位和个人不得截留、挤占或者挪作他用。
依照法律规定征收环境保护税的，不再征收排污费。
本条是关于排污费以及排污费与环境保护税相衔接的规定。本条还明确规定“排污费应当全部专项用于环境污染防治”，相比修订前环境保护法第28条中的“必须用于污染的防治”，更加强调“全部专项”用于环境污染防治，不得挪作他用。
第四十四条国家实行重点污染物排放总量控制制度。重点污染物排放总量控制指标由国务院下达，省、自治区、直辖市人民政府分解落实。企业事业单位在执行国家和地方污染物排放标准的同时，应当遵守分解落实到本单位的重点污染物排放总量控制指标。
本条是关于重点污染物排放总量控制制度和区域限批制度的规定。实施好重点污染物排放总量控制制度的关键，是确保国家规定的总量控制指标能够逐级分解得到落实。
对超过国家重点污染物排放总量控制指标或者未完成国家确定的环境质量目标的地区，省级以上人民政府环境保护主管部门应当暂停审批其新增重点污染物排放总量的建设项目环境影响评价文件。
本条第2款对“区域限批”的事因作出了明确的界定。只要该地区超过国家重点污染物排放总量控制指标，或者未完成国家确定的环境质量目标任务，该地区内所有新增重点污染物排放总量的建设项目，均应当暂停其环境影响评价文件的审批。
第四十五条国家依照法律规定实行排污许可管理制度。
实行排污许可管理的企业事业单位和其他生产经营者应当按照排污许可证的要求排放污染物；未取得排污许可证的，不得排放污染物。
本条是关于排污许可管理制度的原则性规定。本条是新增的条款，1989年制定环境保护法时，排污许可管理制度还在探索中。多年时间证明，排污许可管理制度是一项重要的环境管理制度，作为环境保护领域基础性的法律，修订后的环境保护法中明确了这项制度。